EcoOne Protokol obezbjeđuje podršku funkcijama referata pisarnice u skladu sa važećim zakonskim propisima koji regulišu ovu oblast. Namjena EcoOne Protokola je evidentiranje svih ulaznih i izlaznih dokumenata, kao i sve dokumentacije u izradi. Protokol podržava upise u knjige Djelovodnika i Upisnika, te omogućava prikaz skenirane dokumentacije.
EcoOne Protokol ima mogućnost štampanja godišnjeg sadržaja Upisnika i Djelovodnika u zakonski propisanim obrascima za potrebe arhiviranja.